Conectando fronteras en el diseño de proteínas en América Latina – Taller AI4PD en la Patagonia

Puerto Varas, Chile — En noviembre, los imponentes paisajes de la Patagonia chilena, incluidos el lago Llanquihue y los volcanes Osorno y Calbuco, sirvieron como escenario para una convergencia científica de gran impacto. El Curso Práctico EMBO: Taller Latinoamericano sobre IA para el Diseño de Proteínas (AI4PD) 2025

coorganizado por miembros de RosettaCommons —Cesar A. Ramirez-Sarmiento (Instituto de Ingeniería Biológica y Médica, UC Chile), Alena Khmelinskaia (LMU Munich) y Chris Bahl (AI Proteins Inc)— junto a Nicole Lehna (Kura Biotech), reunió a una vibrante comunidad de investigadores de distintos rincones del mundo para ampliar las fronteras de la predicción computacional de estructuras y el diseño de proteínas en América Latina.

Este encuentro, realizado entre el 3 y el 9 de noviembre de 2025 en el Hotel Bellavista de Puerto Varas, corresponde a la segunda versión —desde 2023— de una iniciativa pionera orientada a formar a la próxima generación de científicas y científicos de Chile y América Latina en diseño computacional de proteínas. El taller convocó a más de 55 estudiantes, investigadores postdoctorales, académicos y representantes de la industria, de los cuales 44% fueron mujeres, seleccionados a partir de un total de más de 300 postulaciones provenientes de la región y de distintos países del mundo. Entre las personas seleccionadas, 31 eran estudiantes de doctorado de Chile, Argentina, Perú, Brasil, Ecuador y Colombia, junto con participantes provenientes incluso desde Japón. Durante cinco días, trabajaron codo a codo con 18 expertos internacionales en las más recientes herramientas de inteligencia artificial que están revolucionando el diseño de proteínas, provenientes de instituciones de prestigio como UCSF, Harvard, Johns Hopkins University, University of Washington, Leipzig University, TU Graz, LMU Munich y la Pontificia Universidad Católica de Chile.

Un programa académico de vanguardia en diseño computacional de proteínas

En los últimos años, la inteligencia artificial ha transformado de manera profunda el estudio de las proteínas, permitiendo predecir estructuras y diseñar proteínas nuevas —inexistentes en la naturaleza— para abordar desafíos biotecnológicos contemporáneos. En este contexto, el taller fue concebido como una experiencia intensiva e inmersiva a lo largo de toda la semana.

Durante los primeros tres días del curso práctico, las y los participantes se adentraron en este campo en rápida evolución mediante una combinación de clases introductorias y tutoriales prácticos. El programa abordó herramientas de última generación como Frame2Seq, ProteinMPNN y distintas versiones de RFdiffusion, permitiendo vincular la teoría con aplicaciones reales en ingeniería y diseño de proteínas, desde péptidos y anticuerpos hasta enzimas y ensamblajes macromoleculares.

El Hackathon: colaboración en acción

Uno de los elementos más destacados de AI4PD fue el Hackathon, un espacio especialmente diseñado para que las y los participantes aplicaran sus nuevos conocimientos a desafíos concretos. Para muchas personas, esta instancia fue el punto alto de la semana, ya que ofreció una experiencia de aprendizaje realista para enfrentar problemas abiertos, con el acompañamiento de profesionales líderes en el área. Organizados en grupos de cuatro, los equipos trabajaron en sus propios problemas y flujos de trabajo de diseño de proteínas, cerrando sus proyectos con presentaciones breves en una sesión final de flash talks. Esta actividad contó además con una sorpresiva participación en línea de David Baker, del Institute for Protein Design de la University of Washington, quien motivó y felicitó a las y los asistentes.

La retroalimentación del taller fue ampliamente positiva: 85% de las y los participantes otorgó la calificación más alta a las clases introductorias en términos de disfrute, y 91% destacó a las y los expositores e instructores por su alto nivel de conocimiento y efectividad pedagógica. Asimismo, el Hackathon fue valorado como una oportunidad única para profundizar en el uso de las herramientas, trabajando de manera colaborativa junto a pares y expertos. La atmósfera de colaboración generada en estas sesiones recibió la máxima evaluación por parte del 85% de las y los asistentes, quienes señalaron que les permitió comprender en mayor profundidad las herramientas utilizadas.

Construyendo comunidad

Más allá del código y la química, AI4PD fue también una instancia para tender puentes y construir comunidad. La elección de Puerto Varas aportó un ambiente de “retiro académico” que favoreció el intercambio y la generación de redes. Desde las sesiones de póster acompañadas de pizzas y cervezas los lunes y martes por la noche, pasando por una excursión al Parque Nacional Alerce Andino el sábado, hasta una fiesta de despedida esa misma noche, el entorno facilitó un diálogo fluido entre el mundo académico y la industria.