Alumnos de doctorado del IIBM ganan premio PLoS Open Source Toolkit Channel 2018

Nota Tamara e Isaac

Isaac Núñez y Tamara Matute, ingenieros civiles en biotecnología y estudiantes de doctorado en el Instituto de Ingeniería Biológica y Médica UC (IIBM), se convirtieron en los flamantes ganadores del PLoS Open Source Toolkit Award 2018, por su estudio “Sistema de adquisición de imágenes de fluorescencia de bajo costo y fuente abierta para la enseñanza y la investigación en biología y bioingeniería”.

El galardón, que es nominado por los editores y definido por votación popular a través de Twitter, es entregado por la Public Library of Sciencepremia (PLoS), una organización editorial internacional de libre acceso, innovadora y sin fines de lucro.

Los dos estudiantes del IIBM lograron salir victoriosos en la categoría “Open Source”, que premia al mejor proyecto anual de “fuente abierta”; es decir, que permite el uso, estudio, replicación, modificación y redistribución de tecnología sin restricciones.

En colaboración con Roberto Herrera, Juan Keymer, Timothy Marzullo y la supervisión de los académicos del IIBM, Timothy Rudge y Fernán Federici, Tamara e Isaac crearon “Fluopi”, un dispositivo programable que integra hardware, software y recursos genéticos de bajo costo para captar imágenes con múltiples señales de fluorescencia simultáneamente.

Esta herramienta, que permite estudiar las respuestas genéticas dinámicas de las células, utiliza LED, filtros y una cámara Raspberry Pi, en combinación con proteínas fluorescentes, siendo mucho más versátil, fácil y barata de construir que otras tecnologías hoy existentes.

La importancia del dispositivo radica en que puede ser utilizado por un universo múltiple de personas. Por una parte, los investigadoresIsaac y Tamara podrían obtener datos cuantificables de células, como dinámicas de crecimiento e interacción en diferentes configuraciones experimentales, y visualizar la expresión de proteínas fluorescentes o revelar resultados de electroforesis.

Pero también puede ser utilizado por educadores y estudiantes, pues les permite demostrar a quienes generalmente no cuentan con acceso a la tecnología, experimentos sobre comportamiento biológico cuantitativo. Un conocimiento del que hoy, según Tamara e Isaac, se carece en la educación de biología.

Sobre sus planes para gastar los 500 dólares que ganaron por el premio, los investigadores aseguraron que barajan dos posibles usos. “Una alternativa consiste en el desarrollo de mejoras y nuevos prototipos del equipo, y la otra es la realización de talleres tecnológicos, enmarcados en torno a las actividades de la comunidad de tecnologías de libre acceso latinoamericana TecnoX, en los que se enseñe a utilizar esta y otras tecnologías, se desarrollen nuevas ideas en conjunto con las comunidades, y se aborden tópicos de ciencia abierta”, comentaron.

La importancia del “Open Source”

Tras obtener el galardón, tanto Tamara como Isaac concuerdan en la necesidad de hacer hincapié en que se fomenten las investigaciones científicas bajo la lógica del “Open Source”, hoy poco aplicada en el contexto científico chileno y latinoamericano. “Creemos que las tecnologías compartidas abiertamente, como el hardware científico abierto y las herramientas genéticas abiertas, son cruciales para el actual desarrollo de la tecnología y la producción de conocimiento, especialmente en los países de bajos ingresos”, afirman.

“A través de ellas se generan instancias de interacción difíciles de conseguir de otro modo, con alcances totalmente inesperados que no podrían surgir a partir de la sola presentación del producto final desarrollado”, añaden.

Explican que, por ejemplo, como toda la información de su proyecto se encuentra disponible, ya hay otros investigadores que se han basado en sus códigos para procesar otros tipos de imágenes o para corregir creaciones propias. “Esto difumina los límites del proceso de diseño y lo transforma en algo continuo y multidireccional”, sostienen.

Por último, los investigadores hicieron un llamado a otros estudiantes del IIBM y de la UC a participar de este tipo de concursos y, especialmente, a utilizar las “fuentes abiertas”.

“Invitarlos a desarrollar sus ideas y proyectos basándose en enfoques abiertos. Esto amplía enormemente las posibilidades de interacción, aprendizaje y alcance de los recursos creados. Más aún, el código abierto facilita el trabajo en equipos multidisciplinarios, lo que es parte de la naturaleza de nuestro instituto y es una ventaja clave que permite abordar los problemas desde sus diversas aristas, lo que es muy enriquecedor“, finalizaron.